終末之谷一戰後已經過去了三年。幾次混戰之後，木葉忍者消滅了“曉”的大部分成員。同時鼬和佐助的真相，相繼浮出水面。
而就在這時，一個新的名字出現了。
冬鯉寺葵。
這個曾經加入名為“神”組織的少女，帶來了神、天變和祭品等等一系列的訊息。
曉組織、大蛇丸和木葉眾人聯手，準備消滅這個危險的組織，於萌芽之中…
但是這三方勢力沒有想到的是，正是他們自己，將這個世界本來的神靈，帶入了戰場…
那是所有人都無法忘記的一戰，血腥而又銘刻在眾人的記憶中。
後世稱那次無法忘卻的慘案，為“神戰”。
神戰之後，受到重創的鳴人透過綱手的特殊醫療技術進入了深度睡眠狀態，而這一睡，就是整整十年…